Elles proposent une réflexion sur le fonctionnement en mode ARS : il s’agit de groupes préexistants à la réforme mais qui se sont saisis de la problématique de changement. Cinq thèmes ont été retenus :

• Traitement des situations de déséquilibre financier des établissements de santé
• Maîtrise des prescriptions des médicaments facturés en sus des tarifs
• Gestion du risque dans les établissements d’hébergement pour personnes âgées dépendantes (EHPAD)
• Réorganisation de la permanence des soins hospitalière
• Mise en œuvre du zonage infirmier.  

Afin de détailler le schéma d’organisation cible pour la création de l’ARS des groupes de travail « métiers » ont été créés par les instances de préfiguration. 

Seize groupes de réflexion ont rassemblé sur un mode collégial des représentants des institutions rejoignant l'ARS (Directions des Affaires sanitaires et sociales, Agence régionale de l’hospitalisation, services de l'Assurance maladie).

Les principales missions et les grandes dimensions de l'organisation de la future ARS ont été ainsi abordées, la répartition de ces groupes couvrant les champs suivants :

• Connaître et observer
• Accès à la santé
• Offre de soins
• Offre de soins et autonomie
• Secteur médico-social
• Prévention et la promotion de la santé
• Santé et environnement
• Territoires
• Veille et sécurité sanitaire
• Délégations territoriales
• Performance
• Communication
• Système d’informations
• Gestion des crises
• Inspection et contrôle
• Stratégie

Chaque groupe de travail a dressé un état des lieux de l’existant, défini les enjeux qui se posent dans les futurs domaines d’intervention de l’ARS et tenté de dégager les modes d'organisation les plus adaptés pour y répondre.